Jōnin (jap. 上忍, Jōnin? ninja wyższej rangi) to doświadczony shinobi, posiadający wysokie umiejętności w we wszystkich dziedzinach taijutsu, ninjutsu i genjutsu. Zwykle opanowali bardzo zaawansowane techniki co najmniej dwóch żywiołów ninjutsu. Niejednokrotnie są też autorami wielu skomplikowanych technik.

Wysyłani są często (bywa, że samotnie) na obarczone wysokim ryzykiem misje oznaczane literą A, a najbardziej doświadczeni również na ekstremalnie niebezpieczne misje kategorii S. Do innym zadań jōninów należy szkolenie grup geninów, którzy opuścili akademię, przygotowujące ich do stania się chūninami.

Dotychczas nieznane są sposoby awansu na jōnina, choć historia Konohy zna przypadki bardzo młodych jōninów (np. Kakashi). W anime (podczas sagi Kuramy) wspominany jest egzamin na jōnina, jednakże nie przybliżono żadnych szczegółów