Chūnini (jap. 中忍, Chūnini? ninja średniej klasy) to samodzielni shinobi, których poziom wyraźnie wykracza nad pozostałych geninów. Wymaga się od nich odpowiedzialności, znakomitego opanowania wszystkich podstawowych technik, doświadczenia bojowego i umiejętności działania w zespole. Zazwyczaj są oni dowódcami grup wykonujących misje klasy C i B, choć niektórzy, np. Iruka Umino, zostają nauczycielami w akademii.

Aby zostać chūninem genin musi pomyślnie zdać trzyetapowy egzamin, do którego musi się zgłosić wraz z całą swoją drużyną. Pierwszy etap jest egzaminem teoretycznym, który ma również na celu zbadanie raczej psychiki kandydatów (w roczniku Naruto badane były przede wszystkim umiejętność pozyskiwania danych i podejmowania decyzji przy niepełnej informacji). Drugi etap to egzamin typowo praktyczny, w którym sprawdzana jest zdolność współpracy geninów w grupie oraz umiejętności wykonywania zleconych misji (z powodu dużej liczby biorących udział kandydatów w roczniku Naruto ten etap zakończono wstępnymi walkami eliminacyjnymi). Trzeci etap obejmuje pojedynki pomiędzy shinobi, którym udało się przejść dwa poprzednie etapy. Należy pamiętać, że oceniane jest nie wynik walki, ale ogólne predyspozycje kandydata (Shikamaru poddaje swoją walkę, jednakże zostaje chūninem z uwagi dobrą ocenę sytuacji i poprawnie podjętą decyzję), dlatego też każda osoba, która dostała się do trzeciego etapu, ma szansę zostać chūninem. Może się również zdarzyć, że żaden z zawodników nie posiada wystarczających kwalifikacji, aby stać się chūninem.

W przeszłości każda osada przeprowadzała własny egzamin, jednak po trzeciej wojnie ninja sprzymierzone osady zgodziły się na wspólne egzaminy w wybranej wiosce. Miało to na celu polepszenie stosunków między osadami, a w dalszym rozrachunku uniknięcie przyszłych walk. Ze względu na wzrastającą w każdej wiosce liczbę geninów egzaminy przeprowadzane są dwa razy do roku. Oprócz komisji decydującej o awansie na chūnina walkom przyglądają się również daimyō, którzy mają okazję porównać zdolności członków poszczególnych wiosek. W następstwie rzutuje to na możliwość pozyskania potencjalnych klientów zainteresowanych wynajmem ninja stając się przy tym wyznacznikiem potęgi wiosk